La variedad de ambientes arriba descritos, propia de los Pueblos del Sur merideño, configuran una muy diversa oferta de hábitats que favorecen el desarrollo de múltiples poblaciones animales, de las más disímiles formas: aves, reptiles, peces y mamíferos pueblan los bosques y páramos, para configurar, con la vegetación, una compleja dinámica natural llena de vida en los cerros, valles y montañas.
De estas especies, va en aumento la cantidad de las que son afectadas por algún grado de amenaza debido, especialmente, a dos factores: la cacería, y la destrucción y fragmentación de los hábitats que les sirven de refugio.
En este sentido, aparecen bajo algún grado de amenaza, de acuerdo con el Libro Rojo de la Fauna Venezolana (1995), especies emblemáticas de la región, como el oso frontino, el paují copete de piedra, el pato de torrentes y el perico multicolor de Venezuela, consideradas en peligro (Rincón, et al. 2007).
Como vulnerables, el gallito de la sierra, el perico cabecicolorado, la locha, el jaguar, el puma o león americano, el cunaguaro y el perro de monte. A las antes mencionadas, cabe añadir especies de distribución restringida a sectores muy específicos, como el zorro rojizo, la danta, el chácharo, el conejo de páramo y el zorro perruno (ibid).
Son comunes en los Pueblos del Sur, mamíferos como las lapas, la comadreja, la rata de monte, el cuchicuchi, el báquiro, el mono araña y el araguato, el zorro guache, el cachicamo, la ardilla, la musaraña, varias especies de murciélagos, el oso hormiguero y el puercoespín; aves como el águila de copete, el águila gris, la lechuza, la gallina de monte, la pava, el querrequerre, diversas especies de colibríes y palomas, el azulejo, el turpial, el cucarachero, la reinita, los gavilanes, los zamuros y la guacharaca.
Entre los reptiles, en las áreas bajas, son comunes las serpientes mapanares y la tragavenados; en las áreas de montaña, las corales –ponzoñosas y falsas corales- bejucas, loras y cazadoras. En la cuenca de Nuestra Señora, es endémica una especie de cascabel de la zona semiárida. Asimismo, respecto a los peces, son comunes en los ríos de piedemonte, los coporos o bocachicos, los bagres y corronchos; en los ríos de montaña, se encuentran la laucha, chorroscos y la trucha como especie introducida. La mayoría son de alta demanda para la práctica de la pesca deportiva y de subsistencia.
